该作为此前『机动战士高达UC』的续篇，故事讲述了『高达UC』后一年，超越人类智慧和力量的独角兽和报丧女妖渐渐被人们遗忘，而这时独角兽三号机同为RX-0的机体菲尼克斯在地球圈出现…

怪盗绅士鲁邦一族的第三代继承人鲁邦三世，拥有智商300的天才头脑，精通艺术性的盗窃技巧。他与嗜好烟酒的枪手次元大介、他为之钟情的神秘女盗峰不二子、精通居合斩的第十三代石川五卫门以及常因为眨眼工夫就被鲁邦逃脱而苦恼的钱形警部…