正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学…

在墨西哥的圣克拉拉镇，住着一个十六岁的孤儿萨尔玛。她从未见过亲生父母，人们一直告诉她父母抛弃了她。萨尔玛一生中的大部分时间都在寻找关于父母的身份和下落的线索，但幸运女神似乎从未降临，直到她发现了一本特别的书，里面充满了发…

经历了迪迦奥特曼与正义的人类拯救地球后的时期，人类的文明与科技走向了广阔的宇宙。新领域时代的开启加速了人类对未知世界的开拓。可是，一些新的邪恶力量也在这时向光明的世界展开了反扑。寂静的星空再度被打破，人类又一次面临危机。…