在《超迷你战士第六季：史前大冒险》中时间追溯到了原始时代，原始人正在遭遇各种各样的烦恼，而这些烦恼是被负能量所化的“烦恼精灵”造成的！发明超过500的女娃先知制造出了充满正能量的“超迷你战士”迷你勇和迷你萌，开始了以打败烦…

超迷你战士与超超迷你战士通力合作，利用加减乘除的力量将所有烦恼星人全部变回烦恼蛋。但新的烦恼星人“恶果大王”就此登场，想女皇和萌的乱来之力让超迷你战士和烦恼星人频繁变人。另一边，疯癫的旋女贝比又来捣乱，超麻烦战士又惹出了…

回尽他人难吗？收过没法回尽的礼品吗？勇敢的超迷你兵士收到了懊末路星人垂老想女皇的礼品，这个可骇的礼品居然让超迷你兵士掉了战役才能！环节时刻，红发小帝带着哥哥快递小婴现身，这些欢乐冤家们能齐心协力、用康乐与勇气打败接踵而…