某日突然现身于静冈的异星文明开始侵略地球,在数百年前逃避追杀而来到地球的神氏家族的后裔们,决意守护这个第二故乡.发动先祖遗留下来的巨大宇宙船以及巨大合体机械人神宝3展开恶斗.